incbwt/rlcsa_builder.h

   1 #ifndef RLCSA_BUILDER_H
   2 #define RLCSA_BUILDER_H
   3
   4 #include <cstdlib>
   5 #include "rlcsa.h"
   6
   7
   8 namespace CSA
   9 {
  10
  11
  12 class RLCSABuilder
  13 {
  14   public:
  15     RLCSABuilder(usint _block_size, usint _sample_rate, usint _buffer_size);
  16     ~RLCSABuilder();
  17
  18     void insertSequence(char* sequence, usint length, bool delete_sequence);
  19
  20     // User must free the index. Builder no longer contains it.
  21     RLCSA* getRLCSA();
  22
  23     // User must free the BWT. length becomes the length of BWT.
  24     char* getBWT(usint& length);
  25
  26     bool isOk();
  27
  28     // These times are not reset with the rest of the builder.
  29     double getBuildTime();
  30     double getSearchTime();
  31     double getMergeTime();
  32
  33   private:
  34     RLCSA* index;
  35
  36     usint block_size;
  37     usint sample_rate;
  38     usint buffer_size;
  39
  40     uchar* buffer;
  41     usint chars;
  42
  43     bool ok;
  44
  45     clock_t build_time;
  46     clock_t search_time;
  47     clock_t merge_time;
  48
  49     void flush();
  50     void addRLCSA(RLCSA* increment, uchar* sequence, usint length, bool delete_sequence);
  51     void reset();
  52 };
  53
  54
  55 } // namespace CSA
  56
  57
  58 #endif // RLCSA_BUILDER_H