incbwt/sasamples.h

   1 #ifndef SASAMPLES_H
   2 #define SASAMPLES_H
   3
   4 #include <fstream>
   5
   6 #include "misc/definitions.h"
   7 #include "bits/bitbuffer.h"
   8 #include "bits/deltavector.h"
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  10
  11 namespace CSA
  12 {
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  15 class SASamples
  16 {
  17   public:
  18     const static usint BLOCK_SIZE = 16;
  19
  20     SASamples(std::ifstream& sample_file, usint sample_rate);
  21     SASamples(usint* array, usint data_size, usint sample_rate);
  22     ~SASamples();
  23
  24     // Destroys contents of index and increment.
  25     // We assume index and increment have same sample rate.
  26     SASamples(SASamples& index, SASamples& increment, usint* positions, usint number_of_positions);
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  28     void writeTo(std::ofstream& sample_file);
  29
  30     // Returns i such that SA[i] = value.
  31     // If SA[i] is not sampled, returns the next sampled value. (Don't try!)
  32     // Value is actual 0-based suffix array value.
  33     // Returns size if value is too large.
  34     usint inverseSA(usint value);
  35
  36     // Returns the value of ith sample in suffix array order.
  37     inline usint getSample(usint i)
  38     {
  39       return std::min(this->samples->readItem(i) * this->rate, this->size - 1);
  40     }
  41
  42     // Returns (ind, sample number) where ind >= index or (size, ???).
  43     pair_type getFirstSampleAfter(usint index);
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  45     inline usint getSampleRate() { return this->rate; }
  46     inline usint getNumberOfSamples() { return this->items; }
  47
  48     usint reportSize();
  49
  50   private:
  51     usint integer_bits;
  52     usint rate, size, items;
  53
  54     DeltaVector* indexes;
  55
  56     FastBitBuffer* samples;
  57     FastBitBuffer* inverse_samples;
  58
  59     void buildInverseSamples();
  60
  61     // Note: contents of original samples are deleted.
  62     void mergeSamples(SASamples& index, SASamples& increment, usint* positions, usint n);
  63 };
  64
  65
  66 } // namespace CSA
  67
  68
  69 #endif // SASAMPLES_H