incbwt/utils/extract_text.cpp

   1 #include <cstdlib>
   2 #include <fstream>
   3 #include <iostream>
   4
   5 #include "../misc/definitions.h"
   6
   7
   8 using namespace CSA;
   9
  10
  11 std::string gapChars = " =-_";
  12
  13 void
  14 concatenateStrain(std::string &text, std::ifstream &file, usint strain)
  15 {
  16   file.clear();
  17   file.seekg(0, std::ios::beg);
  18
  19   std::string line;
  20   while(!file.eof())
  21   {
  22     getline(file, line);
  23     if(line.empty() || line[0] == '>') { continue; }
  24     char t = toupper(line[strain * 2]);
  25     if(gapChars.find(t) == std::string::npos) { text.push_back(t); }
  26   }
  27 }
  28
  29
  30 int
  31 main(int argc, char** argv)
  32 {
  33   std::cout << "Extracting concatenated text from alignment" << std::endl;
  34   if(argc < 3)
  35   {
  36     std::cout << "Usage: extract_text alignment_file output_file" << std::endl;
  37     return 1;
  38   }
  39
  40   std::cout << "Alignment file: " << argv[1] << std::endl;
  41   std::ifstream alignment_file(argv[1], std::ios_base::binary);
  42   if(!alignment_file)
  43   {
  44     std::cerr << "Error opening alignment file!" << std::endl;
  45     return 2;
  46   }
  47
  48   std::cout << "Output file: " << argv[2] << std::endl;
  49   std::ofstream output_file(argv[2], std::ios_base::binary);
  50   if(!output_file)
  51   {
  52     std::cerr << "Error creating output file!" << std::endl;
  53     return 3;
  54   }
  55   std::cout << std::endl;
  56
  57   std::string line;
  58   std::getline(alignment_file, line); // Skipping header line.
  59   std::getline(alignment_file, line);
  60   usint strains = line.size() / 2 - 1;
  61   std::cout << "Number of strains: " << strains << std::endl;
  62
  63   line.clear();
  64   concatenateStrain(line, alignment_file, 0);
  65   usint n = line.size();
  66   std::cout << "Reference sequence length: " << n << std::endl;
  67
  68   for(usint i = 1; i <= strains; i++)
  69   {
  70     concatenateStrain(line, alignment_file, i);
  71   }
  72   usint N = line.size() + 1;
  73   std::cout << "Total length: " << N << std::endl;
  74
  75   output_file.write(line.c_str(), N - 1);
  76   char end = '\0';
  77   output_file.write(&end, 1);
  78
  79   output_file.close();
  80   alignment_file.close();
  81   return 0;
  82 }