Query.cpp

   1 #include "Query.h"
   2 #include <cstring>
   3
   4 namespace SXSI
   5 {
   6
   7 const char Query::ALPHABET_DNA[] = {'A', 'C', 'G', 'T', 'N'};
   8
   9
  10 Query::Query(TextCollection const *tc_)
  11     : pat(0), patlen(0), tc(tc_), debug(false), klimit(0),
  12       textlen(tc->getLength()), ALPHABET(ALPHABET_DNA)
  13 { }
  14
  15
  16 /*void reverse()
  17 {
  18     uchar c;
  19     for (int i = 0; i < patlen / 2; ++i) {
  20         c = pat[i];
  21         pat[i] = pat[patlen - i - 1];
  22         pat[patlen - i - 1] = c;
  23     }
  24 }
  25
  26 void revcmp()
  27 {
  28     reverse();
  29     for (int i = 0; i < patlen; ++i)
  30         switch (pat[i])
  31         {
  32         case('A'): pat[i] = 'T'; break;
  33         case('C'): pat[i] = 'G'; break;
  34         case('G'): pat[i] = 'C'; break;
  35         case('T'): pat[i] = 'A'; break;
  36         case('a'): pat[i] = 't'; break;
  37         case('c'): pat[i] = 'g'; break;
  38         case('g'): pat[i] = 'c'; break;
  39         case('a'): pat[i] = 't'; break;
  40         case('N'): pat[i] = 'N'; break;
  41         case('n'): pat[i] = 'n'; break;
  42         default:
  43             std::cerr << "Query::align(): invalid alphabet ("<< pat[i] << ") given!" << std::endl;
  44             std::exit(1);
  45             break;
  46         }
  47         }*/
  48
  49 TextCollection::document_result Query::align(uchar const *p, unsigned k)
  50 {
  51     result.clear();
  52     this->pat = p;
  53     this->patlen = std::strlen((char const *)p);
  54     this->klimit = k;
  55
  56     while (!smin.empty()) smin.pop();
  57     while (!smax.empty()) smax.pop();
  58     smin.push(0);
  59     smax.push(textlen-1);
  60     match.clear();
  61
  62     firstStep();
  63
  64     // Search reverse complemented?
  65 /*    {
  66         revcmp();
  67         this->pat = p->c_str();
  68         while (!smin.empty()) smin.pop();
  69         while (!smax.empty()) smax.pop();
  70         smin.push(0);
  71         smax.push(textlen-1);
  72         match.clear();
  73
  74         firstStep();
  75
  76         revcmp(); // Restore orig string
  77         }*/
  78
  79     TextCollection::document_result dr(result.begin(), result.end());
  80     return dr;
  81 }
  82
  83 } // namespace