Query.h

   1 /**
   2  * Interface for alignment queries
   3  */
   4
   5 #ifndef _Query_H_
   6 #define _Query_H_
   7
   8 #include "TextCollection.h"
   9
  10 #include <stack>
  11 #include <vector>
  12 #include <set>
  13
  14 namespace SXSI
  15 {
  16
  17 /**
  18  * Base class for queries
  19  */
  20 class Query
  21 {
  22 public:
  23     TextCollection::document_result align(uchar const *p, unsigned k);
  24
  25     void setDebug(bool b)
  26     { this->debug = b; }
  27
  28     virtual ~Query()
  29     {  }
  30
  31 protected:
  32     virtual void firstStep() = 0;
  33
  34     inline bool pushChar(char c) {
  35         ulong nmin = tc->LF(c, smin.top()-1);
  36         ulong nmax = tc->LF(c, smax.top())-1;
  37         if (nmin > nmax) return false;
  38         smin.push(nmin);
  39         smax.push(nmax);
  40         match.push_back(c);
  41         return true;
  42     }
  43
  44     inline void popChar() {
  45         smin.pop();
  46         smax.pop();
  47         match.pop_back();
  48     }
  49
  50     inline int min(int a, int b) {
  51         if (a < b) return a; else return b;
  52     }
  53
  54     inline int min(int a, int b, int c) {
  55         if (a < b) if (a < c) return a; else return c;
  56         else if (b < c) return b; else return c;
  57     }
  58
  59     Query(TextCollection const *tc_);
  60
  61     uchar const *pat;
  62     unsigned patlen;
  63     TextCollection const *tc;
  64     bool debug;
  65     unsigned klimit;
  66     ulong textlen;
  67
  68     const char *ALPHABET;
  69     static const unsigned ALPHABET_SIZE = 5;
  70     static const char ALPHABET_DNA[];
  71
  72     std::stack<ulong> smin;
  73     std::stack<ulong> smax;
  74     std::vector<uchar> match;
  75     std::set<TextCollection::DocId> result;
  76
  77 private:
  78     Query();
  79     // No copy constructor or assignment
  80     Query(Query const&);
  81     Query& operator = (Query const&);
  82 };
  83
  84 } // Namespace
  85
  86 #endif // _Query_H_