incbwt/Makefile

   1 CC = g++
   2
   3 # Use 64-bit integers in a 64-bit environment.
   4 # SIZE_FLAGS = -DMASSIVE_DATA_RLCSA
   5
   6 # Parallelism is supported by either libstdc++ Parallel Mode or MCSTL.
   7 # PARALLEL_FLAGS = -DMULTITHREAD_SUPPORT -D_GLIBCXX_PARALLEL -fopenmp
   8 # MCSTL_ROOT = /fs-3/d/jltsiren/suds/mcstl
   9 # PARALLEL_FLAGS = -DMULTITHREAD_SUPPORT -I$(MCSTL_ROOT)/c++ -fopenmp
  10
  11 # Vectors using nibble codes instead of delta codes are faster, but they also
  12 # take up more space.
  13 # VECTOR_FLAGS = -DUSE_NIBBLE_VECTORS
  14
  15 #CPPFLAGS = -Wall -g $(SIZE_FLAGS) $(PARALLEL_FLAGS) $(VECTOR_FLAGS)
  16 CPPFLAGS = -Wall -O3 $(SIZE_FLAGS) $(PARALLEL_FLAGS) $(VECTOR_FLAGS)
  17 OBJS = rlcsa.o rlcsa_builder.o sasamples.o lcpsamples.o bits/array.o bits/bitvector.o bits/deltavector.o bits/rlevector.o bits/nibblevector.o misc/parameters.o misc/utils.o qsufsort/qsufsort.o
  18
  19 VPATH = bits:misc:utils
  20
  21
  22 default: rlcsa.a
  23
  24
  25 rlcsa.a: $(OBJS)
  26         ar rcs rlcsa.a $(OBJS)
  27
  28 depend:
  29         g++ -MM *.cpp bits/*.cpp misc/*.cpp qsufsort/*.c utils/*.cpp > dependencies.mk
  30
  31 rlcsa_test: rlcsa_test.o rlcsa.a
  32         $(CC) $(CPPFLAGS) -o rlcsa_test rlcsa_test.o rlcsa.a
  33
  34 lcp_test: lcp_test.o rlcsa.a
  35         $(CC) $(CPPFLAGS) -o lcp_test lcp_test.o rlcsa.a
  36
  37 parallel_build: parallel_build.o rlcsa.a
  38         $(CC) $(CPPFLAGS) -o parallel_build parallel_build.o rlcsa.a
  39
  40 build_rlcsa: build_rlcsa.o rlcsa.a
  41         $(CC) $(CPPFLAGS) -o build_rlcsa build_rlcsa.o rlcsa.a
  42
  43 locate_test: locate_test.o rlcsa.a
  44         $(CC) $(CPPFLAGS) -o locate_test locate_test.o rlcsa.a
  45
  46 display_test: display_test.o rlcsa.a
  47         $(CC) $(CPPFLAGS) -o display_test display_test.o rlcsa.a
  48
  49 read_bwt: read_bwt.o rlcsa.a
  50         $(CC) $(CPPFLAGS) -o read_bwt read_bwt.o rlcsa.a
  51
  52 extract_sequence: extract_sequence.o rlcsa.a
  53         $(CC) $(CPPFLAGS) -o extract_sequence extract_sequence.o rlcsa.a
  54
  55 rlcsa_grep: rlcsa_grep.o rlcsa.a
  56         $(CC) $(CPPFLAGS) -o rlcsa_grep rlcsa_grep.o rlcsa.a
  57
  58 build_plcp: build_plcp.o rlcsa.a
  59         $(CC) $(CPPFLAGS) -o build_plcp build_plcp.o rlcsa.a
  60
  61 sample_lcp: sample_lcp.o rlcsa.a
  62         $(CC) $(CPPFLAGS) -o sample_lcp sample_lcp.o rlcsa.a
  63
  64 extract_text: extract_text.o
  65         $(CC) $(CPPFLAGS) -o utils/extract_text extract_text.o
  66
  67 convert_patterns: convert_patterns.o
  68         $(CC) $(CPPFLAGS) -o utils/convert_patterns convert_patterns.o misc/utils.o
  69
  70 split_text: split_text.o
  71         $(CC) $(CPPFLAGS) -o utils/split_text split_text.o misc/utils.o
  72
  73 genpatterns: genpatterns.c
  74         gcc -O3 -Wall -o utils/genpatterns utils/genpatterns.c
  75
  76 clean:
  77         rm -f rlcsa.a rlcsa_test lcp_test parallel_build
  78         rm -f build_rlcsa locate_test display_test read_bwt extract_sequence rlcsa_grep build_plcp sample_lcp
  79         rm -f utils/extract_text utils/convert_patterns utils/split_text
  80         rm -f *.o bits/*.o misc/*.o qsufsort/*.o utils/*.o
  81
  82 package:
  83         mkdir rlcsa
  84         mkdir rlcsa/bits rlcsa/misc rlcsa/qsufsort rlcsa/utils
  85         cp LICENSE Makefile README dependencies.mk *.cpp *.h rlcsa
  86         cp bits/*.cpp bits/*.h rlcsa/bits
  87         cp misc/*.cpp misc/*.h rlcsa/misc
  88         cp qsufsort/*.c qsufsort/*.h rlcsa/qsufsort
  89         cp utils/*.cpp utils/*.py rlcsa/utils
  90         tar cfz rlcsa.tgz rlcsa
  91         rm -r rlcsa/*
  92         rmdir rlcsa
  93
  94 include dependencies.mk