incbwt/display_test.cpp

   1 #include <algorithm>
   2 #include <cstdlib>
   3 #include <ctime>
   4 #include <fstream>
   5 #include <iostream>
   6
   7 #include "rlcsa.h"
   8 #include "misc/utils.h"
   9
  10 #ifdef MULTITHREAD_SUPPORT
  11 #include <omp.h>
  12 const int MAX_THREADS = 64;
  13 #endif
  14
  15
  16 using namespace CSA;
  17
  18
  19 int main(int argc, char** argv)
  20 {
  21   std::cout << "RLCSA display test" << std::endl;
  22   if(argc < 4)
  23   {
  24     std::cout << "Usage: display_test basename sequences max_length [threads [random_seed]]" << std::endl;
  25     return 1;
  26   }
  27
  28   std::cout << "Base name: " << argv[1] << std::endl;
  29
  30   sint sequences = std::max(atoi(argv[2]), 1);
  31   std::cout << "Sequences: " << sequences << std::endl;
  32
  33   usint max_length = std::max(atoi(argv[3]), 1);
  34   std::cout << "Prefix length: " << max_length << std::endl;
  35
  36   sint threads = 1;
  37 #ifdef MULTITHREAD_SUPPORT
  38   if(argc > 4)
  39   {
  40     threads = std::min(MAX_THREADS, std::max(atoi(argv[4]), 1));
  41   }
  42 #endif
  43   std::cout << "Threads: " << threads << std::endl;
  44
  45   usint seed = 0xDEADBEEF;
  46   if(argc > 5)
  47   {
  48     seed = atoi(argv[5]);
  49   }
  50   std::cout << "Random seed: " << seed << std::endl;
  51   std::cout << std::endl;
  52
  53   RLCSA rlcsa(argv[1]);
  54   if(!rlcsa.supportsDisplay())
  55   {
  56     std::cerr << "Error: Display is not supported!" << std::endl;
  57     return 2;
  58   }
  59   rlcsa.printInfo();
  60   rlcsa.reportSize(true);
  61
  62   usint total = 0;
  63   usint seq_num, seq_total = rlcsa.getNumberOfSequences();
  64   sint i;
  65
  66   double start = readTimer();
  67   srand(seed);
  68   uchar* buffer = new uchar[max_length];
  69   #ifdef MULTITHREAD_SUPPORT
  70   usint length;
  71   usint thread_id;
  72   uchar* buffers[threads]; buffers[0] = buffer;
  73   for(i = 1; i < threads; i++)
  74   {
  75     buffers[i] = new uchar[max_length];
  76   }
  77   omp_set_num_threads(threads);
  78   #pragma omp parallel private(seq_num, length, thread_id)
  79   {
  80     #pragma omp for schedule(dynamic, 1)
  81     for(i = 0; i < sequences; i++)
  82     {
  83       #pragma omp critical
  84       {
  85         seq_num = rand() % seq_total;
  86       }
  87       thread_id = omp_get_thread_num();
  88       length = rlcsa.displayPrefix(seq_num, max_length, buffers[thread_id]);
  89       #pragma omp critical
  90       {
  91         total += length;
  92       }
  93     }
  94   }
  95   for(i = 1; i < threads; i++) { delete[] buffers[i]; }
  96   #else
  97   for(i = 0; i < sequences; i++)
  98   {
  99     seq_num = rand() % seq_total;
 100     total += rlcsa.displayPrefix(seq_num, max_length, buffer);
 101   }
 102   #endif
 103   delete[] buffer;
 104
 105   double time = readTimer() - start;
 106   double megabytes = total / (double)MEGABYTE;
 107   std::cout << megabytes << " megabytes in " << time << " seconds (" << (megabytes / time) << " MB/s)" << std::endl;
 108   std::cout << std::endl;
 109
 110   return 0;
 111 }