incbwt/extract_sequence.cpp

   1 #include <algorithm>
   2 #include <cstdlib>
   3 #include <ctime>
   4 #include <fstream>
   5 #include <iostream>
   6
   7 #include "rlcsa.h"
   8 #include "misc/utils.h"
   9
  10 #ifdef MULTITHREAD_SUPPORT
  11 #include <omp.h>
  12 const int MAX_THREADS = 64;
  13 #endif
  14
  15
  16 using namespace CSA;
  17
  18
  19 int main(int argc, char** argv)
  20 {
  21   std::cout << "RLCSA display test" << std::endl;
  22   if(argc < 4)
  23   {
  24     std::cout << "Usage: extract_sequence base_name sequence_number output" << std::endl;
  25     return 1;
  26   }
  27
  28   std::cout << "Base name: " << argv[1] << std::endl;
  29   usint sequence = atoi(argv[2]);
  30   std::cout << "Sequence number: " << sequence << std::endl;
  31   std::cout << "Output: " << argv[3] << std::endl;
  32   std::cout << std::endl;
  33
  34   RLCSA rlcsa(argv[1]);
  35   if(!rlcsa.supportsDisplay())
  36   {
  37     std::cerr << "Error: Display is not supported!" << std::endl;
  38     return 2;
  39   }
  40   rlcsa.printInfo();
  41   rlcsa.reportSize(true);
  42   if(sequence >= rlcsa.getNumberOfSequences())
  43   {
  44     std::cerr << "Error: Invalid sequence number!" << std::endl;
  45     return 3;
  46   }
  47
  48   std::ofstream output(argv[3], std::ios_base::binary);
  49   if(!output)
  50   {
  51     std::cerr << "Error: Cannot open output file!" << std::endl;
  52     return 4;
  53   }
  54
  55   double start = readTimer();
  56   uchar* buffer = rlcsa.display(sequence);
  57   usint bytes = length(rlcsa.getSequenceRange(sequence));
  58   output.write((char*)buffer, bytes);
  59   delete[] buffer;
  60   output.close();
  61
  62   double time = readTimer() - start;
  63   double megabytes = bytes / (double)MEGABYTE;
  64   std::cout << megabytes << " megabytes in " << time << " seconds (" << (megabytes / time) << " MB/s)" << std::endl;
  65   std::cout << std::endl;
  66
  67   return 0;
  68 }