incbwt/lcpsamples.cpp

   1 #include <algorithm>
   2 #include <fstream>
   3 #include <iostream>
   4
   5 #include "lcpsamples.h"
   6 #include "misc/utils.h"
   7
   8
   9 namespace CSA
  10 {
  11
  12
  13 LCPSamples::LCPSamples(std::ifstream& sample_file)
  14 {
  15   this->indexes = new DeltaVector(sample_file);
  16   this->values = new Array(sample_file);
  17
  18   this->size = indexes->getSize();
  19   this->items = indexes->getNumberOfItems();
  20 }
  21
  22 LCPSamples::LCPSamples(pair_type* input, usint _size, usint _items, bool report, bool free_input) :
  23   size(_size),
  24   items(_items)
  25 {
  26   DeltaEncoder index_encoder(LCPSamples::INDEX_BLOCK_SIZE);
  27   ArrayEncoder value_encoder(LCPSamples::VALUE_BLOCK_SIZE);
  28
  29   usint max_sample = 0;
  30   for(usint i = 0; i < this->items; i++)
  31   {
  32     index_encoder.setBit(input[i].first);
  33     value_encoder.addItem(input[i].second + 1);
  34     max_sample = std::max(max_sample, input[i].second);
  35   }
  36
  37   this->indexes = new DeltaVector(index_encoder, this->size);
  38   this->values = new Array(value_encoder);
  39
  40   if(free_input) { delete[] input; }
  41
  42   if(report)
  43   {
  44     usint max_bits = length(max_sample);
  45     double total_size = max_bits * (double)(this->items) / (CHAR_BIT * (double)MEGABYTE);
  46     std::cout << "Maximum sample value: " << max_sample << " (" << max_bits << " bits)" << std::endl;
  47     std::cout << "Raw samples: " << total_size << " MB" << std::endl;
  48     std::cout << "Encoded samples: " << (this->values->reportSize() / (double)MEGABYTE) << " MB" << std::endl;
  49     std::cout << std::endl;
  50   }
  51 }
  52
  53 LCPSamples::LCPSamples(DeltaEncoder& index_encoder, ArrayEncoder& value_encoder, usint _size) :
  54   size(_size)
  55 {
  56   this->indexes = new DeltaVector(index_encoder, this->size);
  57   this->values = new Array(value_encoder);
  58   this->items = this->indexes->getNumberOfItems();
  59 }
  60
  61 LCPSamples::~LCPSamples()
  62 {
  63   delete this->indexes;
  64   delete this->values;
  65 }
  66
  67 void
  68 LCPSamples::writeTo(std::ofstream& sample_file) const
  69 {
  70   this->indexes->writeTo(sample_file);
  71   this->values->writeTo(sample_file);
  72 }
  73
  74 //--------------------------------------------------------------------------
  75
  76 usint
  77 LCPSamples::reportSize() const
  78 {
  79   usint bytes = sizeof(*this);
  80   bytes += this->indexes->reportSize();
  81   bytes += this->values->reportSize();
  82   return bytes;
  83 }
  84
  85 //--------------------------------------------------------------------------
  86
  87
  88 } // namespace CSA