incbwt/lcpsamples.h

   1 #ifndef LCPSAMPLES_H
   2 #define LCPSAMPLES_H
   3
   4 #include <fstream>
   5
   6
   7 #include "bits/deltavector.h"
   8 #include "bits/rlevector.h"
   9 #include "bits/nibblevector.h"
  10
  11 #include "bits/array.h"
  12 #include "misc/utils.h"
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  14
  15 namespace CSA
  16 {
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  18
  19 class LCPSamples
  20 {
  21   public:
  22     const static usint INDEX_BLOCK_SIZE = 16;
  23     const static usint VALUE_BLOCK_SIZE = 32;
  24
  25     LCPSamples(std::ifstream& sample_file);
  26
  27     // Input pairs are of form (i, LCP[i]).
  28     LCPSamples(pair_type* input, usint _size, usint _items, bool report = false, bool free_input = false);
  29
  30     LCPSamples(DeltaEncoder& index_encoder, ArrayEncoder& value_encoder, usint _size);
  31
  32     ~LCPSamples();
  33
  34     void writeTo(std::ofstream& sample_file) const;
  35
  36     // Returns the value of the ith sample in suffix array order.
  37     // If the index is invalid, returns this->size.
  38     inline usint getSample(usint i) const
  39     {
  40       Array::Iterator iter(*(this->values));
  41       usint tmp = iter.getItem(i);
  42       if(tmp == 0) { return this->size; }
  43       return tmp - 1;
  44     }
  45
  46     // Returns (ind, sample number) where ind >= index or (size, ???).
  47     inline pair_type getFirstSampleAfter(usint index) const
  48     {
  49       DeltaVector::Iterator iter(*(this->indexes));
  50       return iter.valueAfter(index);
  51     }
  52
  53     // Behavior is undefined if there is no sample at index.
  54     inline usint getSampleAtPosition(usint index) const
  55     {
  56       DeltaVector::Iterator index_iter(*(this->indexes));
  57       Array::Iterator value_iter(*(this->values));
  58       return value_iter.getItem(index_iter.rank(index) - 1) - 1;
  59     }
  60
  61     inline usint getNumberOfSamples() const { return this->items; }
  62
  63     usint reportSize() const;
  64
  65   private:
  66     usint size, items;
  67
  68     DeltaVector* indexes;
  69     Array*       values;
  70
  71     // These are not allowed.
  72     LCPSamples();
  73     LCPSamples(const LCPSamples&);
  74     LCPSamples& operator = (const LCPSamples&);
  75 };
  76
  77
  78 } // namespace CSA
  79
  80
  81 #endif // LCPSAMPLES_H