incbwt/locate_test.cpp

   1 #include <algorithm>
   2 #include <cstdlib>
   3 #include <ctime>
   4 #include <fstream>
   5 #include <iostream>
   6
   7 #include "rlcsa.h"
   8 #include "misc/utils.h"
   9
  10
  11 using namespace CSA;
  12
  13
  14 int main(int argc, char** argv)
  15 {
  16   std::cout << "RLCSA locate test" << std::endl;
  17   if(argc < 3)
  18   {
  19     std::cout << "Usage: locate_test basename [begin end] output [direct]" << std::endl;
  20     return 1;
  21   }
  22
  23   usint begin = 0, end = 0;
  24   int output_arg = 2;
  25   std::cout << "Base name: " << argv[1] << std::endl;
  26   if(argc >= 5)
  27   {
  28     output_arg = 4;
  29     begin = atoi(argv[2]), end = atoi(argv[3]);
  30     std::cout << "Begin: " << begin << std::endl;
  31     std::cout << "End: " << end << std::endl;
  32     if(begin > end)
  33     {
  34       std::cerr << "Error: Empty range!" << std::endl;
  35       return 2;
  36     }
  37   }
  38   if(argc < output_arg + 2)
  39   {
  40     std::cout << "Using run-based optimizations." << std::endl;
  41   }
  42   else
  43   {
  44     std::cout << "Using direct locate." << std::endl;
  45   }
  46   std::cout << std::endl;
  47
  48   RLCSA rlcsa(argv[1]);
  49   if(!rlcsa.supportsLocate())
  50   {
  51     std::cerr << "Error: Locate is not supported!" << std::endl;
  52     return 3;
  53   }
  54
  55   if(argc >= 5)
  56   {
  57     if(end >= rlcsa.getSize())
  58     {
  59       std::cerr << "Error: Invalid range!" << std::endl;
  60       return 4;
  61     }
  62   }
  63   else
  64   {
  65     begin = 0; end = rlcsa.getSize() - 1;
  66   }
  67
  68   std::ofstream output(argv[output_arg], std::ios_base::binary);
  69   if(!output)
  70   {
  71     std::cerr << "Error: Cannot open output file!" << std::endl;
  72     return 5;
  73   }
  74
  75   usint* buffer = new usint[MILLION];
  76   std::clock_t start = std::clock();
  77   if(argc < output_arg + 2)  // Use run-based optimizations for locate.
  78   {
  79     for(usint curr = begin; curr <= end; curr += MILLION)
  80     {
  81       pair_type range(curr, std::min(end, curr + MILLION - 1));
  82       rlcsa.locate(range, buffer);
  83       for(usint i = 0; i < range.second + 1 - range.first; i++)
  84       {
  85         output.write((char*)&(buffer[i]), sizeof(usint));
  86       }
  87     }
  88   }
  89   else  // Use direct locate.
  90   {
  91     for(usint curr = begin; curr <= end; curr += MILLION)
  92     {
  93       pair_type range(curr, std::min(end, curr + MILLION - 1));
  94       for(usint i = 0; i < range.second + 1 - range.first; i++)
  95       {
  96         buffer[i] = rlcsa.locate(curr + i);
  97       }
  98       for(usint i = 0; i < range.second + 1 - range.first; i++)
  99       {
 100         output.write((char*)&(buffer[i]), sizeof(usint));
 101       }
 102     }
 103   }
 104   std::clock_t stop = std::clock();
 105   delete[] buffer;
 106
 107   double size = (end + 1 - begin);
 108   double time = (stop - start) / (double)CLOCKS_PER_SEC;
 109   std::cout << size << " locates in " << time << " seconds (" << (size / time) << " locates/s)" << std::endl;
 110   output.close();
 111
 112   return 0;
 113 }