incbwt/rlcsa_builder.h

   1 #ifndef RLCSA_BUILDER_H
   2 #define RLCSA_BUILDER_H
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   4 #include "rlcsa.h"
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   6
   7 namespace CSA
   8 {
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  11 class RLCSABuilder
  12 {
  13   public:
  14     RLCSABuilder(usint _block_size, usint _sample_rate, usint _buffer_size, usint _threads = 1);
  15     ~RLCSABuilder();
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  17     void insertSequence(char* sequence, usint length, bool delete_sequence);
  18
  19     // Use this if you have already built an index for the file.
  20     void insertFromFile(const std::string& base_name);
  21
  22     // User must free the index. Builder no longer contains it.
  23     RLCSA* getRLCSA();
  24
  25     // User must free the BWT. length becomes the length of BWT.
  26     char* getBWT(usint& length);
  27
  28     bool isOk();
  29
  30     // These times are not reset with the rest of the builder.
  31     double getBuildTime();
  32     double getSearchTime();
  33     double getSortTime();
  34     double getMergeTime();
  35
  36   private:
  37     RLCSA* index;
  38
  39     usint block_size;
  40     usint sample_rate;
  41     usint buffer_size;
  42
  43     usint threads;
  44
  45     uchar* buffer;
  46     usint chars;
  47
  48     bool ok;
  49
  50     double build_time;
  51     double search_time;
  52     double sort_time;
  53     double merge_time;
  54
  55     void flush();
  56     void addRLCSA(RLCSA* increment, uchar* sequence, usint length, bool delete_sequence);
  57     void reset();
  58
  59     // These are not allowed.
  60     RLCSABuilder();
  61     RLCSABuilder(const RLCSABuilder&);
  62     RLCSABuilder& operator = (const RLCSABuilder&);
  63 };
  64
  65
  66 } // namespace CSA
  67
  68
  69 #endif // RLCSA_BUILDER_H