incbwt/rlcsa_test.cpp

   1 #include <cstdlib>
   2 #include <ctime>
   3 #include <iostream>
   4 #include <vector>
   5
   6 #include "rlcsa.h"
   7 #include "misc/utils.h"
   8
   9 #ifdef MULTITHREAD_SUPPORT
  10 #include <omp.h>
  11 #endif
  12
  13
  14 using namespace CSA;
  15
  16
  17 const int MAX_THREADS = 64;
  18 const usint MAX_OCCURRENCES = 100000;
  19
  20
  21 int main(int argc, char** argv)
  22 {
  23   std::cout << "RLCSA test" << std::endl;
  24   if(argc < 2)
  25   {
  26     std::cout << "Usage: rlcsa_test basename [patterns [threads]]" << std::endl;
  27     return 1;
  28   }
  29
  30   std::cout << "Base name: " << argv[1] << std::endl;
  31   if(argc > 2) { std::cout << "Patterns: " << argv[2] << std::endl; }
  32   sint threads = 1;
  33   if(argc > 3)
  34   {
  35     threads = std::min(MAX_THREADS, std::max(atoi(argv[3]), 1));
  36   }
  37   std::cout << "Threads: " << threads << std::endl;
  38   std::cout << std::endl;
  39
  40   const RLCSA rlcsa(argv[1], false);
  41   rlcsa.printInfo();
  42   rlcsa.reportSize(true);
  43
  44   if(argc < 3) { return 0; }
  45   std::ifstream patterns(argv[2], std::ios_base::binary);
  46   if(!patterns)
  47   {
  48     std::cerr << "Error opening pattern file!" << std::endl;
  49     return 2;
  50   }
  51
  52   std::vector<std::string> rows;
  53   readRows(patterns, rows, true);
  54
  55   usint total = 0, total_size = 0, ignored = 0, found = 0;
  56   sint i, n = rows.size();
  57   pair_type result;
  58   usint* matches;
  59
  60   double start = readTimer();
  61   #ifdef MULTITHREAD_SUPPORT
  62   usint occurrences;
  63   omp_set_num_threads(threads);
  64   #pragma omp parallel private(result, matches, occurrences)
  65   {
  66     #pragma omp for schedule(dynamic, 1)
  67     for(i = 0; i < n; i++)
  68     {
  69       result = rlcsa.count(rows[i]);
  70       occurrences = length(result);
  71       #pragma omp critical
  72       {
  73         if(!isEmpty(result))
  74         {
  75           found++;
  76           if(occurrences <= MAX_OCCURRENCES) { total += occurrences; }
  77           else { ignored++; }
  78         }
  79         total_size += rows[i].length();
  80       }
  81       if(!isEmpty(result) && occurrences <= MAX_OCCURRENCES)
  82       {
  83         matches = rlcsa.locate(result);
  84         delete[] matches;
  85       }
  86     }
  87   }
  88   #else
  89   for(i = 0; i < n; i++)
  90   {
  91     result = rlcsa.count(rows[i]);
  92     total_size += rows[i].length();
  93     if(!isEmpty(result)) { found++; total += length(result); }
  94     matches = rlcsa.locate(result);
  95     if(matches) { delete[] matches; }
  96   }
  97   #endif
  98
  99   double time = readTimer() - start;
 100   std::cout << "Patterns:    " << n << " (" << (n / time) << " / sec)" << std::endl;
 101   std::cout << "Total size:  " << total_size << " bytes (" << (total_size / time) << " / sec)" << std::endl;
 102   std::cout << "Matches:     " << total << " (" << (total / time) << " / sec)" << std::endl;
 103   std::cout << "Found:       " << found << std::endl;
 104   std::cout << "Time:        " << time << " seconds" << std::endl;
 105   std::cout << std::endl;
 106   std::cout << "Ignored " << ignored << " patterns with more than " << MAX_OCCURRENCES << " occurrences." << std::endl;
 107   std::cout << std::endl;
 108
 109   return 0;
 110 }