incbwt/sample_lcp.cpp

   1 #include <algorithm>
   2 #include <fstream>
   3 #include <iostream>
   4
   5 #include "rlcsa.h"
   6 #include "misc/utils.h"
   7
   8
   9 using namespace CSA;
  10
  11
  12 int
  13 main(int argc, char** argv)
  14 {
  15   std::cout << "LCP sampler" << std::endl;
  16   if(argc < 3)
  17   {
  18     std::cout << "Usage: sample_plcp base_name sample_rate" << std::endl;
  19     return 1;
  20   }
  21
  22   std::string base_name = argv[1];
  23   std::string lcp_name = base_name + LCP_SAMPLES_EXTENSION;
  24   std::cout << "LCP samples: " << lcp_name << std::endl;
  25   std::ofstream lcp_file(lcp_name.c_str(), std::ios_base::binary);
  26   if(!lcp_file)
  27   {
  28     std::cerr << "Error creating LCP sample file!" << std::endl;
  29     return 2;
  30   }
  31
  32   usint sample_rate = atoi(argv[2]);
  33   std::cout << "Sample rate: " << sample_rate << std::endl;
  34   std::cout << std::endl;
  35   RLCSA* rlcsa = new RLCSA(base_name);
  36
  37   double start = readTimer();
  38   pair_type* sampled_values = 0;
  39   usint samples = rlcsa->sampleLCP(sample_rate, sampled_values, true);
  40   usint data_size = rlcsa->getSize();
  41   delete rlcsa; // Saves memory.
  42   LCPSamples lcp(sampled_values, data_size, samples, true, true);
  43   lcp.writeTo(lcp_file);
  44
  45   double time = readTimer() - start;
  46   double megabytes = data_size / (double)MEGABYTE;
  47   double size = lcp.reportSize() / (double)MEGABYTE;
  48   std::cout << megabytes << " megabytes in " << time << " seconds (" << (megabytes / time) << " MB/s)" << std::endl;
  49   std::cout << "Sampled LCP size: " << size << " MB" << std::endl;
  50   std::cout << std::endl;
  51
  52   lcp_file.close();
  53
  54   return 0;
  55 }