incbwt/sasamples.h

   1 #ifndef SASAMPLES_H
   2 #define SASAMPLES_H
   3
   4 #include <fstream>
   5
   6 #include "misc/definitions.h"
   7 #include "bits/bitbuffer.h"
   8 #include "bits/deltavector.h"
   9
  10
  11 namespace CSA
  12 {
  13
  14
  15 class SASamples
  16 {
  17   public:
  18     const static usint INDEX_BLOCK_SIZE = 16;
  19
  20     SASamples(std::ifstream& sample_file, usint sample_rate);
  21
  22     // These assume < 2 GB data. Use the second one when there are multiple sequences.
  23     SASamples(uint* array, usint data_size, usint sample_rate);
  24     SASamples(uint* inverse, DeltaVector* end_points, usint data_size, usint sample_rate);
  25
  26     ~SASamples();
  27
  28     // Destroys contents of index and increment.
  29     // We assume index and increment have same sample rate.
  30     // positions must not containt the positions of end of sequence markers.
  31     // number_of_sequences is subtracted from each position before the value is used.
  32     SASamples(SASamples& index, SASamples& increment, usint* positions, usint number_of_positions, usint number_of_sequences);
  33
  34     void writeTo(std::ofstream& sample_file) const;
  35
  36     // Returns i such that SA[i] = value.
  37     // If SA[i] is not sampled, returns the next sampled value. (Don't try!)
  38     // Value is actual 0-based suffix array value.
  39     // Returns size if value is too large.
  40     inline usint inverseSA(usint value) const
  41     {
  42       if(value >= this->size) { return this->size; }
  43       DeltaVector::Iterator iter(*(this->indexes));
  44       return iter.select(this->inverse_samples->readItemConst(value / this->rate));
  45     }
  46
  47     // Returns the value of ith sample in suffix array order.
  48     inline usint getSample(usint i) const
  49     {
  50       return std::min(this->samples->readItemConst(i) * this->rate, this->size - 1);
  51     }
  52
  53     // Returns (ind, sample number) where ind >= index or (size, ???).
  54     inline pair_type getFirstSampleAfter(usint index) const
  55     {
  56       DeltaVector::Iterator iter(*(this->indexes));
  57       return iter.valueAfter(index);
  58     }
  59
  60     inline usint getSampleRate() const { return this->rate; }
  61     inline usint getNumberOfSamples() const { return this->items; }
  62
  63     usint reportSize() const;
  64
  65   private:
  66     usint integer_bits;
  67     usint rate, size, items;
  68
  69     DeltaVector* indexes;
  70
  71     ReadBuffer* samples;
  72     ReadBuffer* inverse_samples;
  73
  74     void buildInverseSamples();
  75
  76     // Note: contents of original samples are deleted.
  77     void mergeSamples(SASamples& index, SASamples& increment, usint* positions, usint n, usint skip);
  78
  79     // These are not allowed.
  80     SASamples();
  81     SASamples(const SASamples&);
  82     SASamples& operator = (const SASamples&);
  83 };
  84
  85
  86 } // namespace CSA
  87
  88
  89 #endif // SASAMPLES_H